Châu Đốc nguyên là đất thuộc Chân Lạp, gọi là Tầm Phong Long (Kompong Long). Năm 1757, vua Chân Lạp dâng đất này cho Chúa Nguyễn. Chúa Nguyễn đặt đạo Châu Đốc nối liền với trấn Hà Tiên.
Năm 1876, Pháp chia Nam Kỳ thành 4 khu vực hành chính lớn, mỗi khu vực hành chính lại chia nhỏ thành các tiểu khu hay hạt tham biện (arrondissement administratif) thì Châu Đốc là hạt tham biện thuộc khu vực hành chính Bát Xắc (Bassac), vốn là phần đất tỉnh An Giang xưa.
Theo Nghị định ngày 20 tháng 12 năm 1899 của Toàn quyền Đông Dương đổi tất cả các hạt tham biện thành tỉnh thì từ ngày 1 tháng 1 năm 1900 hạt tham biện Châu Đốc trở thành tỉnh Châu Đốc. Năm 1903, tỉnh Châu Đốc có 3 quận: Tân Châu, Tri Tôn và Tịnh Biên. Đến năm 1919 có thêm quận Châu Phú và năm 1929 có thêm quận Hồng Ngự. Tỉnh lị đặt tại thị xã Châu Đốc. Tỉnh Châu Đốc giáp Campuchia (phía bắc), các tỉnh Tân An (phía đông bắc), Long Xuyên (phía đông nam và nam), Hà Tiên và Rạch Giá (phía tây nam và nam).
Tháng 9 năm 1947, chính quyền Việt Nam Dân Chủ Cộng Hòa đã tách tỉnh Châu Đốc làm hai phần:
Phần thứ nhất hợp nhất với một phần tỉnh Long Xuyên thành tỉnh Long Châu Hậu, đến tháng 10 năm 1950 nhập thêm tỉnh Hà Tiên thành tỉnh Long Châu Hà.
Phần còn lại của tỉnh Châu Đốc hợp nhất với phần còn lại của tỉnh Long Xuyên thành tỉnh Long Châu Tiền, đến tháng 6 năm 1951 nhập thêm tỉnh Sa Đéc thành tỉnh Long Châu Sa.
Hai tỉnh Long Châu Hà và Long Châu Sa tồn tại đến năm 1954.
Năm 1955 tỉnh Châu Đốc có 5 quận : Châu Phú, Tân Châu, Tri Tôn, Tịnh Biên, Hồng Ngự với 70 xã.
Ngày 22 tháng 6 năm 1956, chính quyền Việt Nam Cộng Hòa lập tỉnh An Giang, gồm hai tỉnh Châu Đốc và Long Xuyên. Tỉnh Châu Đốc được tái lập ngày 8 tháng 9 năm 1964 gồm 5 quận, 10 tổng, 57 xã với tỉnh lị là Châu Phú.
Trong thời kỳ 1955-1976, từ tháng 5 năm 1974 đến tháng 2 năm 1976 chính quyền Việt Nam Dân Chủ Cộng Hòa và Cộng Hòa Miền Nam Việt Nam tái lập ra hai tỉnh Long Châu Hà và Long Châu Tiền (từ các phần đất của hai tỉnh Châu Đốc và Long Xuyên).
